Dokumentų valdymo skyrius organizuoja Kelių direkcijos dokumentų valdymą ir asmenų aptarnavimą taikant „vieno langelio“ principą, tvarko Kelių direkcijos archyvą, redaguoja parengtus teisės aktus ir raštus valstybinės kalbos taisyklingumo požiūriu.

Eismo informacijos ir valdymo skyrius atsakingas už Intelektinių transporto sistemų diegimą ir plėtrą valstybinės reikšmės keliuose. Skyrius užtikrina informacijos apie eismo sąlygas valstybinės reikšmės keliuose rinkimą ir sklaidą valstybinės reikšmės kelius prižiūrinčioms valstybės įmonėms bei visuomenei, Valstybinės reikšmės kelių eismo informacinės sistemos ir eismo valdymo priemonių keliuose efektyvų naudojimą, priežiūrą ir plėtrą, planuoja ir organizuoja Valstybinės reikšmės kelių eismo informacinės sistemos ir eismo valdymo priemonių diegimą, priežiūrą ir plėtrą.

Eismo saugumo skyrius dalyvauja formuojant valstybės politiką saugaus eismo užtikrinimo srityje ir nustatant prioritetines eismo saugos gerinimo kryptis; planuoja, organizuoja ir kontroliuoja saugaus eismo priemonių įgyvendinimą.

Informacinių technologijų skyrius užtikrina Kelių direkcijos vietinio kompiuterių tinklo tinkamą funkcionavimą ir įrangos atnaujinimą laiku bei žinybinio kompiuterių tinklo su valstybinės reikšmės automobilių kelius prižiūrinčiomis valstybės įmonėmis planavimą, įrengimą, tinkamą funkcionavimą ir įrangos atnaujinimą laiku, taip pat užtikrina informacinių sistemų planavimą, diegimą, tinkamą funkcionavimą ir atnaujinimą laiku bei duomenų saugą.

Investicijų skyrius dalyvauja rengiant ES fondų strategijas; užtikrina investicinių projektų, bendrai finansuojamų KPPP ir ES fondų (programų), kitų tarptautinių finansinių institucijų lėšomis, rengimą ir įgyvendinimą; dalyvauja rengiant ir derinant paskolų sutartis, finansavimo memorandumus, finansinės paramos sutartis ir Europos Komisijos sprendimus; organizuoja viešuosius pirkimus, dalyvauja viešojo pirkimo komisijų darbe; organizuoja bei koordinuoja ES institucijų paramos lėšų gavimą, apmokėjimą už atliktus darbus, pateiktas prekes ir suteiktas paslaugas.

Juridinis skyrius rengia įstatymų, Vyriausybės nutarimų bei kitų teisės aktų Kelių direkcijos kompetencijos klausimais projektus, derina juos su Europos Sąjungos teisės aktais ir atitinkamomis tarptautinėmis teisės normomis; užtikrina, kad Kelių direkcijos parengti įstatymų, Vyriausybės nutarimų ir kitų teisės aktų projektai neprieštarautų Lietuvos Respublikos Konstitucijai, galiojantiems įstatymams, kitiems teisės aktams ir atitiktų Europos Sąjungos teisės  reikalavimus; atlieka parengtų teisės aktų projektų ekspertizes, antikorupcinį vertinimą ir juos vizuoja; teisinėmis priemonėmis užtikrina valstybinės reikšmės automobilių kelius prižiūrinčių valstybės įmonių savininko teisių ir pareigų įgyvendinimą; vykdo korupcijos prevenciją ir kontrolę Kelių direkcijoje įgyvendinant Lietuvos Respublikos korupcijos prevencijos įstatymą.

Kelių priežiūros skyrius įgyvendina Lietuvos valstybinės reikšmės automobilių kelių tinklo formavimo bei koregavimo ir valstybinės reikšmės automobilių kelių priežiūros politiką; valstybinės reikšmės automobilių kelių priežiūros užsakovo ir organizavimo funkcijų vykdymą; privalomų darbų kelių priežiūros valstybės įmonėms nustatymą.

Tarptautinių ryšių skyrius formuoja ir koordinuoja Kelių direkcijos veiklą, susijusią su tarptautinėmis kelininkų organizacijomis; rengia susitikimus su kitų valstybių kelininkų organizacijomis, tvarko organizacinius užsienio delegacijų priėmimo reikalus, Kelių direkcijos darbuotojų kelionių į užsienį reikalus, palaiko tiesioginius ryšius su užsienio šalių kelių administracijomis ir direkcijomis ir kitomis valstybinėmis bei privačiomis organizacijomis bendraisiais klausimais kelių srityje, kaupia ir nuolatos atnaujina jų duomenų bazę.

Tiltų skyrius įgyvendina bendrą tiltų, esančių valstybinės reikšmės keliuose, statybos, remonto, priežiūros politiką, organizuoja tiltų techninę priežiūrą bei vykdo tiltų naudojimo priežiūrą; vykdo valstybinės reikšmės keliuose esančių tiltų projektavimo, statybos, remonto ir priežiūros statytojo (užsakovo) funkcijas.

Ūkio skyrius planuoja, koordinuoja ir kontroliuoja Kelių direkcijos administracijos struktūrinių padalinių išlaikymui skirtų finansinių išteklių (sąnaudų) ir materialinių resursų panaudojimą; planuoja ir kontroliuoja Kelių direkcijos administracijos struktūriniams padaliniams priskirto materialiojo ir nematerialiojo turto racionalų ir ekonomišką panaudojimą.

Valstybės turto skyrius užtikrina, kad valstybės įmonės valstybei nuosavybės teise priklausantį turtą perduotą patikėjimo teise valdytų, naudotų ir disponuotų juo teisės aktų nustatyta tvarka, taip pat užtikrina, kad valstybės įmonės būtų aprūpintos kelių technika, technologine įranga, transporto ir kitomis gamybos priemonėmis, valstybės biudžete numatytų lėšų apimtyje; sprendžia klausimus, susijusius su Kelių direkcijos, kaip įmonių savininko teises ir pareigas įgyvendinančios institucijos, funkcijomis.

Vidaus audito skyrius tikrina ir vertina, ar Kelių direkcijoje sukurta ir įdiegta vidaus kontrolės sistema yra pakankama ir veiksminga, ar jos veikla atitinka įstatymus ir kitus norminius teisės aktus, jų vietinių (lokalinių) norminių teisės aktų reikalavimus, ar informacija apie finansinę ir ūkinę veiklą yra išsami ir patikima, ar pasiekti nustatyti tikslai ir uždaviniai; teikia generaliniam direktoriui objektyvią informaciją, rekomendacijas ir išvadas dėl Kelių direkcijos audituotos veiklos, vidaus kontrolės būklės, strateginių ar kitų veiklos planų, programų vykdymo, galimos arba nustatytos veiklos rizikos audituotuose struktūriniuose padaliniuose.

Viešųjų pirkimų skyrius vadovaudamasis Lietuvos Respublikos viešųjų pirkimų įstatymo nuostatomis, rengia Kelių direkcijos teisės aktų projektus, reglamentuojančius viešuosius pirkimus; kontroliuoja perkamų prekių, paslaugų ir darbų vertes; siekia, kad taupiai ir racionaliai būtų naudojamos viešiesiems pirkimams skirtos lėšos; tikrina pirkimo sutarčių teisėtumą, vertina, ar teikiama pasirašyti sutartis tinkamai parengta bei teisingai įforminta.

Vietinių kelių skyrius padeda Kelių direkcijos administracijai sudaryti svarbių valstybei vietinės reikšmės kelių (gatvių) tikslinio finansavimo sąrašo ir Programos rezervo lėšų paskirstymo projektus; kaupia savivaldybių ir kitų institucijų duomenis apie Programos lėšų poreikį vietinės reikšmės keliams prižiūrėti; vykdo Kelių priežiūros ir plėtros programos sąmatos dalies, skirtos vietinės reikšmės keliams prižiūrėti, ir Programos lėšų rezervo finansavimą ir administravimą; nagrinėja institucijų ir piliečių raštus (skundus), prašymus ir rengia atsakymų projektus.